嘉吉元かきつがん(１４４１)年に建立こんりゅうされた臨済宗仏通寺派りんざいしゅうぶっつうじはの寺院じいんで、開山かいざんに近衛家このえけゆかりの千畝周竹せんみょうしゅうちくを招まねきました。そのため現在も近衛家このえけゆかりの宝物が伝えられています。
　また、千畝せんみょう(周竹しゅうちく)和尚おしょうは、画聖がせい雪舟せっしゅうと親交しんこうがあり、そのため重玄寺ちょうげんじは雪舟せっしゅうの終焉しゅうえんの場所と伝えられ、多くの文献ぶんけんにその記載きさいがあります。(『東福寺誌とうふくじし』、『吉備物語きびものがたり』、『古画備考こがびこう』、『備中集成志びっちゅうしゅうせいし』、『也足外集やそくげしゅう』等とう)
　創建後そうけんご、何度か火災かさいに遭あい、天正年間てんしょうねんかん(１５７３～１５９２)に焼失しょうしつした際さいには豊臣秀吉とよとみひでよしが方丈ほうじょうを寄進きしんしたと言われていますが、昭和しょうわ３０(１９５５)年鐘楼門しょうろうもんと土蔵どぞうを残して再ふたたび全焼ぜんしょうし、現在の重玄寺ちょうげんじは井原市芳井町吉井篠原いばらしよしいちょうよしいしのはらにあります。